医药产业系现有6个实训室和一体化学习工作站，实训设备总价值285.9万元。2019年金陵传统中药炮制技术班被评为江苏省历史经典技艺传承班。现开设中药、药品服务与管理等专业，现有全日制在校生457人，专业课教师12人。其中，江苏省专业带头人2人，南京市专业带头人1人，南京市教学名师1人，省、市技术能手6人，省、市五一劳动奖章获得者1人。本科及研究生占比94%，一体化教师占比70%。

本系坚持工学一体、校企双制的育人模式，与江苏省医药商业协会、江苏益丰医药有限公司、九州通、南京上元堂、中科集团等9家行业企业建立了校企合作关系，开设了江苏省医药商业协会冠名班，主动对接产业需求，服务企业技能人才队伍建设。

经过全体教师的共同努力，现已完成2个专业工学一体化改革，完成11门主干课程一体化工作页开发。

2018年，何建璜老师荣获第一届全国技工院校教师职业能力大赛江苏选拔赛三等奖。

2018年，张豪老师荣获第四届药品流通大会岗位竞争大赛药师组银奖。2020年，张豪老师荣获江苏省中药调剂员比赛二等奖。2022年，张豪老师荣获第六届江苏技能状元大赛中药调剂员项目二等奖。

2022年，张卢丽老师荣获第三届全国技工院校教师职业能力大赛南京市选拔赛一等奖，江苏选拔赛三等奖。

2022年，鲁豫、朱扣锁老师荣获江苏省医药行业职业技能竞赛“中药调剂员”项目一等奖，倪林英、陆文华老师荣获二等奖。